让无数人倾心的名作《银河铁道999》在2003年放映的续集《银河铁道物语》所描写的隐藏在无限宇宙里的神秘，可以算得上是松本零士的集大成作品，它保留了《银河铁道999》的世界观，以高质量的映像来表现美丽的宇宙空间以及精密设计的列车。在《银河铁道物语》迎来感动的最终回的1年后，银河铁道管理局紧急来电，空间铁道警备队又下达了新的出动命令。——银河铁道无法阻止的行星、被改写的星辰记忆、被迫分离的父子。

故事发生在为了保护保护银河铁路而与アルフォート星团帝国激战后1年，新的威胁又向银河铁路迫近了。银河铁路的轨道上出现了原因不明的幻想空间，绝对不可能存在的街道、植被甚至还出现了美丽的大海……。连续的突发事件让银河铁路管理局陷入了前所未有的的恐慌。正在这时他们收到了从现在银河铁路已经不再停靠的的ヒーライズ星（别名：被遗忘时间的惑星）发来的微弱的求救信号。那是来自VIP银河超级特快999号的SOS求救信号。管理局立刻派出了守护银河铁路空间安全的铁路警备队，俗称SDF(SPACE DEFENSE FORCE)的精