一年战争终结七个月后的地球。吉翁公国军的残党组织，为了将现在作为共和国的本国复辟为公国而继续着战争。战争末期，在雷霆宙域全歼摩尔同胞团舰队的高机动精神力扎古的驾驶员——达利尔.洛伦兹，在失去了MS后降下地球，作为残党军的一员，负责针对联邦内部的军阀派系和南洋同盟的谍报任务。另一边，曾与达利尔展开死斗的伊奥被提拔为试作型MS——阿特拉斯高达的驾驶员，并被派遣往地球。新的战场，是留有殖民地坠落的伤痕的澳洲大陆的南洋……。

宇宙世纪 0079 年，SIDE 3「吉翁公国」正式对地球联邦政府宣战后将近一年时，在原本太空殖民卫星 SIDE 4「姆亚」的遗址「雷霆宙域」，一心想要夺回故土联邦军「姆亚同胞团」的「伊欧.弗莱明」少尉，与由战中失去肢体的吉翁军人所组成的实验狙击手部队「活死人师」的「戴瑞.罗伦兹」上士，各自怀着不同的目的与想法，爆发了激烈的攻防战……。