这个世界上曾经有着一个被称为“光之巨人”的存在。不久，“光之巨人”完成了他的使命，返回了遥远宇宙的故乡，跟他同化的地球人也失去了过往的记忆，回到了自己原本的地方。奥特曼的存在已成为过去之物，科学特搜队日本支部也结束了它的功能，被改建成光之巨人纪念馆。早田进次郎是一名已经过了多愁善感的青春期的高中生。然而，他意识到自己拥有惊人的弹跳力和健壮的肉体等正常人类所不具有的力量。某天，进次郎知道了父亲早田进曾经是奥特曼。而且，在没有奥特曼守护的地球上，暗中策划各种阴谋活动的外星人依然存在着。作为隐秘组织而健在的科学