在「破晓起义」后前往地球的夏亚，在那与拥有不可思议力量的少女──拉拉．逊相遇。另一方面，致力推动RX-78开发计划的阿姆罗父亲──提姆･雷，得到吉翁方面MS开发计划的核心人物──米诺夫斯基博士逃亡的消息，因而动身前往月球。在月球表面上的微光区域，展开人类史上首次的MS死斗战。时间来到宇宙世纪0079年——。距离地球最远的宇宙都市SIDE 3，以吉翁公国之名向地球联邦政府挑起独立战争。这场战争导致人类的总人口数一半死去，动乱的时代正要开始——。

宇宙世纪0074年。离开了德克萨斯殖民卫星的爱德华･玛斯，伪装自己的身分，以夏亚･阿兹那布尔之名，进入吉翁共和国国防军官学校就读。而与同届的扎比家少爷、卡尔马交情交深的夏亚，两人逐渐两人逐渐受到学生们的推崇。宇宙世纪0077年。终于，学生们以独立为号召，对地球联邦军治安部队展开武装起义。但那也正是揭开夏亚誓言复仇的华丽剧本序幕……。——现在，历史的齿轮即将转动！ "