为了救神谷薰，绯村剑心纵身跃入大海，昏迷中他飘到某座小岛，最终为传授了他飞天御剑流的师父比古清十郎所救。深感到自身与志志雄真实的巨大差距，为了拯救全日本，剑心恳请师傅传授他飞天御剑流的最高奥义。与此同时，志志雄剑指东京，迈出武力夺国的下一步。

经历了动荡的明治维新，日本迎来新的时代。在明治政府第十个年头，不祥的气息弥漫东京。恶德实业家武田观柳操纵女医师高荷惠研制新型鸦片，公开招揽落魄武夫，大肆收购周边土地，有条不紊地实现他的狼子野心。在此期间，以刽子手拔刀斋之名滥杀无辜的鹈堂刃卫引起了前新選组头目斋藤一的注意，也迫令隐姓埋名多年的拔刀斋本尊绯村剑心登场。

主人公的琉花是一个脾气略微急躁的普通少女，父母亲都在水族馆中工作，小的时候曾经在水族馆内见到过发光的鱼群，对其记忆尤深。因为琉花脾气的关系，她在中学第二个暑假被参加的运动社团给开除了，百无聊赖的她在去父亲 工作的水族馆中遇见了两名神秘的异国少年，“海”和“空”——据说是被儒艮所养大，可以长时间在 海中生存，且不能过久离开水源的孩子，并且开始了她之后所说的“最漫长的暑假”......

因杀害男朋友而遭遇六年牢狱之灾的前美发师矢岛圣美，由于狱中表现良好得以假释。谁曾想仅仅三个多小时过后，圣美便向警方投案自首，坦白杀害了一名男性。但是警方调查后惊讶地发现，死者早在一周前便遇害，圣美显然在替某人背负罪名。未过多久，圣美一案移交紧急审讯室。面对真壁有希子和小石川春夫的盘问，圣美三缄其口，坚称只有直播审讯全过程才会道出真相。

暑假到来，自幼丧父的小学三年级学生正男（关口雄介饰），如今和奶奶生活在一起，暑假特别无聊。他拿出母亲从外地寄回的信，准备自己一个人去爱知县丰桥市看望母亲。邻居阿姨（岸本加世子饰）发现后，决定帮正男完成心愿。她拿出一笔钱做为旅费，还安排游手好闲的老公菊次郎（北野武饰）陪伴正男一起踏上寻母之途。可是在第一天，菊次郎就把老婆给的钱全部输光，于是两个人只好步行前往爱知。一路搭顺风车，惹了不少麻烦后，菊次郎终于带着正男到了他母亲的家，但小男孩却十分沮丧。归途中，菊次郎努力安慰他，二人过得十分愉快，夏天就这么过去了。

有一天众多企业在米花市政大楼，共同进行了一种新的游戏“茧”的成果发表会。玩家可透过这个游戏，进入虚拟世界中，体验实地游玩游戏的快感。r但是在这个同时，汤玛斯辛多拉董事长基于某些动机，杀害了工藤优作的朋友樫村忠彬，后来被揭发罪行。r在另外一边正式启动的“茧”，被泽田弘树所开发的诺亚方舟程式入侵，使整个游戏变成了一场生存游戏。眼看着未出局的人数越来越少，柯南如何挽救50个人的性命呢？......

发生多起音乐家被暗杀的连续杀人事件。r被杀害的被害人，都是著名钢琴家所带领的音乐学院毕业生。r而他一手创立的音乐厅落成启用，首次特地举办音乐会特别邀请柯南一行人担任与会嘉宾。音乐会的焦点在于巴哈所弹奏的管风琴以及世界著名的小提琴“史特拉第瓦里”的音色，再加上具有绝对音感天才歌手的歌声。但是，就在音乐会活动日开始之前，陆续发生多起可疑事件。然而就在活动当天，柯南一行人所在的音乐会会场突然发生大爆炸。没多久，整个会场就被浓烈的火海所包围…。

【故事接第二季后的完全新作】北宇治高中吹奏乐部去年顺利地在全日本吹奏乐大赛出场。升入二年级的黄前久美子，和三年级的加部友惠一起开始负责指导从四月开始新加入的一年级生们。是进入了全国大赛的学校，自然有很多一年级生入部。其中，有四名新生来到了低音声部。乍一看似乎毫无问题的久石奏。不融入周围的铃木美玲。想要和美玲做朋友的铃木五月。不提及自身事情的月永求。Sunrise祭、选拔赛、以及竞演会。以“全国大赛金奖”为目标的吹奏乐部，却接连发生了问题……！？北宇治高中吹奏乐部，风波不断的日子开始了！

许多年前，宇宙最大魔王弗利萨接连败在超级赛亚人之手，他的残党欲孽则流浪宇宙之中寻找那美克星人的新定居点，以期将弗利萨再度复活。几经周折，军队代理索尔贝利用地球的龙珠把弗利萨带回人间，而这个刚刚复活不久的魔王很快展开了他的复仇计划。半年之后，浩浩荡荡的弗利萨大军降临地球，悟饭、比克大魔王、克林、天津饭、武天老师挺身而出，而孙悟空和贝吉塔则正跟随维斯在遥远的宇宙深处接受试炼。危机时刻，地球被入侵的消息终于传到维斯和比鲁斯那里，悟空、贝吉塔即将与他们宿命中的冤家再度展开对决……

重制于电视动画《吹响吧！上低音号》第二季的总集篇剧场版，加入了部分原来TV没有的新画面。