本剧场版紧接TV版第27话。在27话良太郎一行人为了追踪异魔神而回到过去，但他们却不知道自己已经落入了牙王的圈套。当良太郎等人消灭完异魔神并想回到Den-Liner的时侯，却发现Den-Liner已经

一个倒霉到家的少年野上良太郎，因为意外被不良少年们缠上，也因此无意间捡到了叶奈所遗失的通行证，路上又被异魔神悄悄附身。机缘巧合下良太郎打开了通往时间列车的门，并且遇上了列车员直美却觉得没有异状....

良太郎一行人为了追踪异魔神而回到过去，但他们却不知道自己已经落入了牙王的圈套。当良太郎等人消灭完异魔神并想回到电王号的时侯，却发现电王号已经被牙王所劫持…… 　　众人被迫留在过去，但最坏的情况发生了。良太郎失去了成为电王的所有记忆，桃塔罗斯也因此不能附上良太郎的身体。在机缘巧合下，良太郎遇到10岁时的自己和异魔神齐格，并且在樱井的帮助下，开始了追踪电王号之旅。 　　另一方面，回到江户时代的牙王成功夺得神之列车牙王号，并抓住了追来的良太郎，他坐着牙王号回到了1988年12月26日。　　在1988年，良太郎恢