正篇讲述关系很亲密的5个人组成的小组织“Little Busters”的成员——少年直枝理树和领袖人物枣恭介为了享受最后的高中生活而组建了一支棒球队“Little Busters”，然后棒球队的成员们遇到了各种各样的烦恼的故事，本作作为特典动画剧情分别由佳奈多、佐佐美、沙耶这三名女性角色，主要会围绕她们各自的故事展开。

幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天，“这样的时间能够一直持续就好了”理树所期望的只有这样。某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍，理树则开始了寻找成员的任务。在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们，和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。经历了许多快乐的事情，同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。在最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。然而，这并不是结束，和来谷唯湖

某日突然现身于静冈的异星文明"Gaizok(ガイゾック)".开始侵略地球的行动.在数百年前逃避追杀而来到地球的神氏家族的后裔们,决意守护这个第二故乡.发动先祖遗留下来的巨大宇宙船"帝皇比亚路(キングビアル)"以及巨大合体机械人"赞波3(ザンボット3)