宅再佳失踪，超人们找到了唯一有其失踪线索的一副斗兽棋，却在与反派的争夺中被打碎。八枚斗兽棋棋子由此幻化成八只棋兽散落在勇敢之城各处。为了救出宅再佳，超人们必须收回散落各处的棋兽、破解其中的秘密。而反派为了争夺棋兽，也不断从中作梗。正邪双方围绕棋兽展开了一场激烈的争夺……

超人们意外通过时空穿梭机回到过去，却无法回到未来，他们决定留下以家人的身份照顾小宅博士；同时小小怪也意外回到过去，遇到了当时军衔比自己低的青年大大怪。超人们在陪小宅博士成长的同时除了应对大小怪的侵略，还必须寻找回到未来的办法。

星星球正面临巨大的危机——司令给大大怪寄来一个可以增强怪兽能力的神奇披风。为了应对能力增强了的怪兽们，超人们继续在超星学院提升自己的战斗力，战神伽罗被阿德里星的三位长老复活，回到超人们身边，共同守护星星球。

邪恶反派想利用棋兽的力量制造大量“复制超人”扰乱整个宇宙。为了阻止这个计划实施，超人们重新聚集，突破了反派设下的重重障碍，一步步解开谜团，最终直面反派和他率领的复制超人们，一场关乎宇宙安危的战斗一触即发……