厌倦了漫长的日子，杰伊使用了快速的克隆，在几小时后融化的临时替身，在他睡觉的时候做他的工作。当邪恶的阿尔法得到一个被融合的杰伊克隆时，他使用DNA来创造一个他自己的快速克隆：杰伊的邪恶孪生兄弟。微小的外星恐怖分子，被称为FMECKS，他们偷走了高科技的人类太空服，让阿奎利亚人在地球上伪装自己。杰伊缩小了规模，抓住了小偷，并揭露了一个摧毁阿奎尔的家园的阴谋。

杰伊和凯，宇宙中最具爆发力的打击犯罪和与外星人扯皮的特工，又回到了这部动作动画冒险系列电影中来，这部电影是根据汤米·李·琼斯和威尔·史密斯主演的热门电影改编的。Kay (Ed O'Ross配音)是一位资深的MiB经纪人，他已经在这个街区呆过几次了，看到了人类无法理解的事情。菜鸟杰伊(基思·戴蒙德饰)是前纽约警察局警察，被凯招募为他的搭档。美丽而才华横溢的Elle (Jennifer Lien饰)是MiB组织的一名研究科学家，而Zed (Charles Napier饰)则是最高机密行动的负

一个拥有权力的外侨克科尔(JAVKOR)将成为纽约最大的非法外侨交易商。MiB正在接近他，但是Javkor有一个秘密武器，一个名叫维罗尼亚的性感外星人。她引诱了帕格狗弗兰克，这样他就能把贾维尼的一伙人带进米布安全的金库，那里保存着银河系中最强大的武器。弗兰克为维罗尼亚而努力，因为她把他当作弓弦。与此同时，MiB似乎是骗局背后的一步，不知道弗兰克正在出卖他们……还是他们?弗兰克最终把坏人偷偷溜进了MiB的地下室，但是凯和杰在里面等着，他早就想出了Javkor的计划。Javkor、Veronica和其他的外星

对一个非法的外星人跳投者的追逐，将凯和杰伊带到杰比的商店，在那里，虫子们恰好在交易中。当凯和杰伊试图逮捕这名罪犯时，一场战斗接踵而至，其间蠕虫们意外地被一种神秘物质粘住。外星人的罪犯利用他的隔离时间来打开时间通道逃跑。Jay过分热心地追求着，发现自己也无意中被卷入了这个门户，在一个令人不安的未来里，蠕虫们统治着地球（想想人猿星球）。与此同时，在现在，被黏着的蠕虫病毒开始分裂并成倍增长，就像变形虫一样。它们是未来蠕虫世界的未知起源。在未来，杰伊被抓获并被判处死刑。只有在四个富有同情心的未来蠕虫人的帮助下，他