在现实世界诸事不顺的大雄，抱怨这个世界没有魔法。某天他无意间发现自己跟哆啦A梦的石像，正好奇这些石像的来龙去脉时，憧憬魔法的大雄突发奇想使用“如果电话亭”实现梦想，而石像亦随之消失。可是，变出来的魔法世界并不是大雄的理想国，所以让大雄感到沮丧。有名的魔法研究者－满月博士告知大家一个可怕的消息－魔界星不过多久便会完全接近地球。大雄想变回现实世界，但是如果电话亭己被妈妈扔掉。满月博士解读古文书后被捉走，逃亡的美夜子得大雄等人支持，一起出发至魔界星。

大雄用哆啦A梦在22世纪的中元节大拍卖抽奖中抽得的小行星制作了一个发条都市，但是由于落雷事故导致动物进化，加上犯罪分子潜入发条都市，以及不知本来面目的金色怪物，发条都市将面临怎样的命运……。

由于在现实生活中太过不顺，加上空地也无法玩耍，大雄和他的伙伴小夫、胖虎和静香决定进行史上最大规模的离家出走。同时，由于发生时空错乱，一名名叫古古儿的远古时代中国人来到20世纪的东京，后被大雄等发现，带到七万年前。原来古古儿所在的光明族被黑暗族侵略，而黑暗族的首领是来自未来世界的巨尊比，他妄图改变世界历史，但是在时光巡逻队的协助下，最后巨尊比的阴谋破产，而古古儿和他的部族来到了日本，成为日本人的始祖。舞台在七万年前的中国。

暑假将到，大家为露营地点的事而争执。大雄和静香想去海滩，胖虎和小夫则想去爬山。最后在哆啦A梦的建议下决定去海底山。去海底露营的大雄等遇到了海底人，并且由于海底火山活动的影响，得知亚特兰提斯预备发射鬼角弹的事，如果亚特兰提斯发射鬼角弹，那么全世界都会毁灭，因此为了阻止鬼角弹发射，大雄他们决定去亚特兰提斯的百慕大海域阻止这个阴谋。

罗布鲁在超越时空时发生事故，飞船的门与大雄房间的塌塌米连接在一起。从此旷野星成为大雄的第二游乐场。大雄与罗布鲁们度过了愉快的时光。但是卡尔泰矿业公司为获得矿藏不断威胁星球上居民的安全…

暑假的自由研究进行不下去的大雄，用哆啦A梦的秘密道具“创世组件”开辟新的宇宙，观察地球型行星的历史。在诞生了人类之中，有个与大雄长相非常像的人。大雄对自己的祖先提供援助，成为那个世界的神秘力量。到了现代后，野比野美秀和出木松，源静代等向南极进发。并且看到了在地下世界的昆虫文明。原来，在新的地球里本来应该发展的是昆虫文明。到底新世界的命运的将何去何从……

在一次偶然的情况下，大雄与多啦A梦穿过秘密通道时空圈，闯进一个森林中古代文明的国度----（玛雅王国），他们遇上跟大雄长得一模一样的迪奥，迪奥是玛雅王国的王子。迪奥王子的母亲中了魔女娜汀拉的诅咒，正在长眠。为了救母亲，迪奥王子一定要打败娜汀拉。因此在森林中修炼。迪奥王子从大雄口中得知现代日本的事，便对日本产生兴趣，所以迪奥便希望与大雄转换身份，到日本修炼。大雄便成为了王子；王子就成了大雄，各自展开不一样的生活，最后迪奥在日本认识了技安等人，他们一起去对抗娜汀拉，究竟他们能否打败娜汀拉救迪奥的母亲？

小風在偶然的机会下认识了大雄，并被大雄收留成为好朋友。大雄、哆啦A梦和带小風无意间闯进了风之村，这里的人都是利用风从事所有的事情。此时，被封印已久善于利用风做坏事的岚族邪恶族长乌兰达被唤醒过来，竟然想重新利用怪物馬風卡征服世界，可爱的小風竟然是怪物馬風卡的一部分，为了拯救世界及小風，大雄及哆啦A梦将要一起经历一个不可思议的旅程。

大雄在睡梦中通过粉红色的雾走进一个动物王国，里面人人和平相处，科技发达，是真正的乌托邦！原来动物王国是在遥远的星球，而粉红色之雾是来自未来世界的随意气，是可以用来通往遥远的地方！哆啦A梦回到地球后，收到未来动物星球的求救消息，但随意气已经用完，他们该怎么办呢？ 　在这个绿色的动物星球上，都是些爱好和平的动物们。但和动物星的平行星中，却住着贪婪的人类。于是战争又开始了……

骨川小夫拿出现在畅销的神秘火车的车票炫耀。刚田武，源静香也想乘火车，恳求小夫也带他去。这时，大雄跑来，说哆啦A梦3天也没有回家。小夫和胖虎之后也去了找哆啦A梦，大雄只顾找哆啦A梦，连晚餐也不吃。哆啦A梦回来后，说他到了22世纪买银河列车的车票。哆啦A梦他们乘搭银河列车到银河各个星群游览，另一边，神秘的生命体正悄悄来袭……