江户川柯南和毛利兰、灰原哀一起来到了公共浴池。在男浴池的更衣室柯南目击到2名可疑的男子，随后，在浴场摔倒失去了意识。于是令柯南感到可疑的男子阿辰和近藤借口将柯南送到医院把他用车带走了。柯南注意到，二人是黑社会中有名的人物，正在浴池执行秘密任务。听说柯南被送往医院的小兰和小哀在附近的医院拼命寻找，但并没有找到他。这时，小兰的手机收到了“我的伤没有大碍，不用担心。我要和认识的大哥哥去吃饭了”的邮件。这封邮件是用柯南所带的工藤新一的手机发送的。此时，毛利小五郎的侦探事务所收到了香苗调查丈夫外遇的委托。香苗提供的

从“上城”前往“外围”赴任的年轻女刑警·索妮娅，在追查种种事件的过程中，遇到了为保护人类而战的三个丑陋的人。他们究竟是什么人……？这三个“妖怪人”，各怀心思地隐藏真身生活着。希望通过铲除为害人间的“恶”而成为人类的“贝姆”；憧憬人类，希望通过和人类上同样的学校来理解人类，以成为人类为目标的“贝拉”；看透人类和世间，冷淡地沉浸于游戏世界的“贝罗”。他们在各种各样的事件中，以及与人类相互接触的过程中，不断受伤，不断烦恼。即使为了人类而战，但他们丑陋的样貌决不可能被人类所接纳……。有一个人正寻找着这样的三人。操

隐瞒之事，是什么？人气漫画家后藤可久士老师正在周刊少年漫画杂志上连载有点成人的漫画，但是一想到这件事可能会被就读小学4年级的独生女小姬发现，他就害怕得每天晚上都睡不好。为了不让女儿为自己的职业感到羞愧，可久士把自己伪装成普通的上班族，但隐瞒真相让可久士苦不堪言。一幕幕有点惊险、十分搞笑又非常温馨的日常故事就此开幕。《隐瞒之事电影剪辑版》是久米田康治漫画家职业生涯30周年的纪念作品，除了重现了TV动画中的经典情节，新增加的动画章节解开了有关妈妈的故事和小姬成人后人生选择的疑团，给予了观众一个非常动人的完美结

这是一个关于你自身的故事。你体内的故事——。人的细胞数量，约为37兆2千亿个。细胞们在名为身体的世界中，今天也精神满满、无休无眠地在工作着。运送着氧气的红细胞，与细菌战斗的白细胞……！这里，有着细胞们不为人知的故事。

距离里布拉市事件已过去两年。一直在寻找失踪的贝姆等一行妖怪行踪的刑警索尼娅，根据目击情报找到了德拉古制药公司。在那里她遇见了孤身与恶势力战斗的贝罗，拒绝战斗，想成为普通女孩子的贝拉，还有一位与贝姆身形非常相似名为“贝尔姆”男子。贝尔姆与称呼自己为贝姆的索尼娅接触以来，每晚都被恶梦缠身。心爱的妻子和孩子包围的温暖家庭。与和善的街坊之间的交流。志同道合的同事，有意义的工作。那样的，对自己来说非常普通的，应该不会变的日常，发出了崩坏的声音。「我，究竟是谁・・・？」他们之间交错的命运，最终延续到妖怪人诞生的秘密。

小五郎应京都寺院的邀请，前往京都调查寺内八年前佛像盗窃事件。寺院早前得到佛像下落的线索，是一件有不同图案的图画，提供给小五郎，以便尽快寻回佛像。同时间，东京、大阪和京都发生杀人事件，三个城市的警方调查后，发现事件中的死者都是盗贼团“源氏萤”的成员，毎人都有一个代名，以《义经》内的传统人物命名。r服部亦因此事，前往京都调查杀人事件的真相。期间遇上柯南，两人一起调查两宗事件，发现两宗事件都有共同点，有助解开八年前佛像盗窃事件。在调查期间亦发生杀人案，服部因此而受袭，和叶亦因查找施袭者线索而被人挟持。

由“黑色”裁决“黑色”——德国，加拿大，以及（英国）伦敦。黑衣组织所制造的暗杀案件在世界各地接连发生！目标的共同点是？组织的目的是？不久，琴酒就将魔爪伸向日本。这场暗杀大戏不过才刚刚开始。宿命的相遇，突然——东都水族馆进行了大规模翻新。为了观赏那里的特色——世界第一个二轮式巨大摩天轮而来到此处的柯南一行人与那里一位受伤的神秘女性相遇。她似乎由于某种原因丧失了记忆。线索只有已损坏的手机。柯南与少年侦探团一起，决定帮助她找回记忆。这时，灰原觉察到了异样。这个女性，是左右眼颜色不同的“双色瞳”的拥有者。

　　在神秘委托者的招待下，小五郎与柯南一行人来到了横滨。一行人受邀来到一座巨大城堡，没想到却掉入黑影的神秘男子所设下的陷阱。小兰、灰原与少年侦探团，也因此落入敌人手中成为人质。时间限制为12个小时，如果不在时间内解开男子所出的谜题，小兰他们身上的炸弹就会爆炸。 r　　“你能了解失去心爱的人，是什么样的心情吗？工藤” r　　这名男子居然知道柯南其实就是工藤新一？！这名男子的真正身份，难道是…… r　　就在同时，“关西的高中生侦探”服部平次的儿时玩伴和叶也被抓走（因为手上有炸弹而受到威胁，并非抓走）成为了人质

柯南和少年侦探团在参观一座西多摩新建的双子摩天大楼时，意外的发现了黑暗组织成员琴酒(Gin)。随后又发生了杀人事件。r杀人事件还在继续，共同点是每名死者身边都会留下一个小的酒杯。就在柯南和少年侦探团寻找凶手的时候，琴酒也得知他正在寻找的叛徒雪莉将在不久之后参加西多摩双子大楼的落成典礼，并准备在典礼上将她刺杀。r在典礼会场上，短暂的黑暗之后又有一人被害。现场也留下了小酒杯，显示凶手和之前的为同一人。就在警方和毛利小五郎调查案件的时候，琴酒引爆了藏在大楼内的炸药，销毁了黑暗组织和常磐财团的交易证据，同时将楼顶

在奥运会上一批名不见经传的新选手屡屡打破世界纪录，甚至是女选手打破男子纪录。这些人被媒体称为超级新人类。两年后，秦博士两年前医好的病人神秘死亡，秦发现她竟然也是超级新人类。不久秦被迫接受了一位女士的委托，与一个医疗研究小组合作研究世界范围内的超级新人类的通病--梅勒症。不久，秦发现所有的超级新人类其实是被注射了一种从沙漠中提取的物质--安非他明。后来秦自己也被骗喝下了含有安非他明的酒......　就在秦倒在沙漠中时，被沙漠里一个神秘的游牧民族所救。原来他们是用含有安非他明的花的花茎里的提取液医的他。从提取