这部拍摄于1989年版的《变蝇人2》是1986年版《变蝇人》的续集,影片承接第一集母亲维尼卡怀上赛斯孩子的伏笔,当她产下一枚蝇蛹时被当场吓死。当局的科研机关巴托工业园收养了苍蝇之子马丁·布朗多(艾瑞克·斯托罗兹 Eric Stoltz饰),由巴托工业的老总巴托先生(约翰·盖兹 John Getz饰)抚养。巴托先生密切监视着马丁的一举一动,表面上把马丁视如己出,实则却把他当作研究对象,暗地里用摄像机记录下他所有的生活过程,让马丁研究他父亲生前的时空传送装置。马丁看上去英俊帅气,无异于常人,除了的惊人的生长速度和超人的天资才能。不久,马丁就与美丽的贝斯·洛根(达芙妮·祖尼加 Daphne Zuniga饰)坠入爱河。可隐藏在马丁体内的变异染色体突然苏醒,等待马丁的是变成下一个“苍蝇人”的恐怖噩耗。
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