一天，宇宙开发中心的上空发现了来历不明的太空母舰，一名神秘女子出现，随后城市受到了外星机器人的袭击。高斯奥特曼及时出现打败了外星机器人，结果又出现了2台外星机器人，高斯陷入危机。武藏看到高斯陷入危险，主动与高斯合体，利用技能让2台外星机器人停止行动。就在此时杰斯提斯奥特曼忽然出现，他不但启动了两2台外星机器人，并且还和2台外星机器人联手杀死了高斯。这名神秘女子来到地球不是为了维持宇宙的秩序，而是要把地球上所有生物全部消灭！为了自救，世界各国想尽所有办法去解决眼前的危机。地球即将毁于一旦，大家没有一点办法，

本作是高斯奥特曼剧场版三部曲的第二部。第一部是是高斯奥特曼第一次到地球的故事，同时也是高斯奥特曼第一次和春野武藏相遇的故事。本部是衔接高斯奥特曼TV版的故事往后发展的剧情，武藏在去观察朱兰行星的环境时发现朱兰行星的环境已经被怪兽破坏了，就在武藏遭遇危险时高斯奥特曼出现，救下了武藏。后来。武藏去参加好朋友的婚礼，在塞班岛上遇到了外星人晓和外星人仁。他们的故乡因为遭受宇宙怪兽的攻击而被毁灭，他们来到地球的海底世界，希望能够研究出让故乡自然再生的方法。然而，宇宙怪兽却派出侵略者前来袭击地球。危机时刻，消失已久的

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